A l'initiative du groupe de Lorient, mandaté par les congrès précédents, la fédération anarchiste a tenu son congrès fédéral à deux reprises sur Lorient même.
La première fois, ce fut le
24ème congrès qui eut lieu les
24-25-26 mai 1969.
La deuxième fois, le
56ème congrès se déroula les
22-23-24 mai 1999, à l'espace Coamao-Dumanoir, où près de 120 délégué-e-s des groupes présents sur le territoire français se sont retrouvés.
Au cours de ce congrès, deux motions ont été adoptées, relatives à la guerre au Kosovo et à l'intervention de l'OTAN.
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La guerre : un crime contre l'humanité,
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Initiative pour l'accueil des déserteurs et des insoumis.
Sur le rôle des congrès de la FA, voir
les principes de base.